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旧制度において生じた剰余金の取扱いについて（認定規則附則第2項）
従来の収支相償原則では、収入の額が費用の額を超える場合には、「公益目的保有財産に係る資産取得、改良に充てるための資金に繰り入れたり、当期の公益目的保有財産の取得に充てたりする場合には、本基準は満たされているものとして扱うものとされていました。
また、このような状況にない場合には、翌年度又は翌々年度に事業の拡大等により同程度の損失となるようにする。」「事業の性質上特に必要がある場合には、個別の事情について案件ごとに判断する」旨が旧ガイドライン等において定められていました。
中期的収支均衡へ移行することに伴う影響
旧制度における当該剰余金は旧制度の取扱いに沿って解消される必要があります。
したがって、施行日以後に開始する最初の事業年度（新制度が適用される初年度）において、従来の収支
相償の下で解消されずに残っている剰余金がある場合には、年度欠損額があればまず年度欠損額と当該剰余金とを通算し（複数事業年度の剰余金がある場合には古い事業年度のものから通算する）、通算後の額を当該事業年度の年度欠損額とします。
また、剰余金を、公益目的保有財産の取得又は改良に充てることで解消することもできます。さらに、事業の性質上特に必要がある場合には、剰余金について個別の事情について案件毎に判断します。
行政庁による監督
発生から２年以上が経過した剰余金が解消されずに残っている場合、行政庁は当該剰余金の解消について必要な監督措置を執ることとし、当該剰余金以外の剰余金が解消されずに残っている場合、行政庁は翌事業年度における解消計画を確認し、翌事業年度においても更に解消されずに残る剰余金がある場合、当該剰余金について必要な監督措置を執ることとされております。
